Buda visszafoglalása után a helyzete azonban tarthatatlanná vált és 1688. január 17-én kénytelen volt a várat feladni, de elérte, hogy a vár védői amnesztiát kaptak a császártól, és hogy a Rákóczi-vagyon gyermekei nevén maradjon. A megállapodás értelmében azonban Bécsbe kellett mennie gyermekeivel együtt, ahol a megállapodást részben megsértve, gyermekeit elvették tőle.

Madarász Viktor (1830—1917): Zrínyi Ilona Munkács várában (Zrínyi Ilona vizsgálóbírái előtt) (1859)

1691-ig az Orsolyaszűzek zárdájában lakott, ahol lányát, Rákóczi Juliannát nevelték. Fiát, II. Rákóczi Ferencet azonban Neuhausba vitték, egy jezsuita iskolába és anya és fia soha többé nem találkozhattak. Amikor Heisler generális Thököly fogságába került, Zrínyi Ilonát a rab tábornokkal kicserélték. Búcsúlevelét, amit ekkor írt fiának, II. Rákóczi Ferenc valószínűleg soha nem kaphatta meg.

"Édes Fiam!
Férjem-uram magához hív engem. Rettentő nagy út áll előttem, de azért sietve sietek uramhoz és hűséges férjemhez. Kötelességem hozza ezt magával. Semmi sem esik nekem olyan súlyosan, mint tőled elszakadni, mert te nekem bánatot sohasem okoztál. Csak tanulj szorgalmasan, és rajta légy, hogy a dicsőség koronáját elnyerjed! Nincs a világon szebb és dicsőbb dolog, mint a becsületes név és a jó hír. A földi javak elveszhetnek, de aki becsületét vesztette, mindenét elvesztette.
Becsüld az embereket! Aki másokat megbecsül, magamagát becsüli.
Anyai áldásommal minden jót kívánok neked. Bárhová vet a sors, maradok mindenütt és mindenkor a te forrón szerető anyád:
Zrínyi Ilona, 1692."

1699-ben elkísérte férjét a török száműzetésbe. Nikomédiában halt meg, 1703-ban. Hamvait fia hamvaival együtt, 1906. október 29-én Kassán, a Szent Erzsébet-székesegyházban helyezték végső nyugalomra.

Gyermekei:
I.Rákóczi Ferenccel kötött házasságából három gyermeke született:
György (†1667)
Julianna Borbála (1672. szeptember; †1717)
Ferenc (Borsi, 1676. március 27.; †Rodostó, 1735. április 8.)
I. Rákóczi Ferenc halála után 1682-ben Thököly Imréhez ment férjhez, akinek egy leánygyermeket szült:
Erzsébet (*1683. november 26.; †Bécs, 1688. április 3.), aki anyja oldalán élte át Munkács ostromát, majd a vár feladása után Zrínyi Ilona magával vitte Bécsbe; ott halt meg.